作为一项将普遍推行的制度，不动产统一登记还有许多执行层面的细节需要明确和完善。相关负责人在不同场合称，“这是一项新制度，是摸着石头过河，很多具体细则还没出台”。在山东常春藤律师事务所资深律师宋洪昌看来，较为典型的问题是土地证与房产证合一的问题，房屋与土地的关系以及处置问题。

　　宋洪昌认为，对于个体购房者，土地证只是一个理论上的存在，“现实中房屋买卖，一张房产证就完全实现，很少人关心土地使用权的问题，关心了也没用”。以一栋15层高、两个单元、每单元四户、建筑基面1000平米的商品楼为例，宋律师说，按照房地产开发的合法流程，在达到预售条件前，开发企业首先必须取得《国有土地使用证》。
　　但问题是，“这栋楼的土地证只是这个楼的建筑基面，换句话说，这栋楼的60户居民共同拥有这1000平米。谁能说清楚每一户居民在这1000平米中拥有哪一块土地的使用权?说得清楚又有什么意义?如果说土地证代表的是一种土地使用权利，对个体居民来说这完全是一种虚拟的权利”。对于为什么这种虚拟的“权利”被划分到个体购房者身上，宋律师用了“奇怪”两个字。
　　此外，土地使用年限的问题也是一个迫切需要明确的遗留问题。按照目前的法规，购房者拥有70年或者40年的土地使用权。宋洪昌认为，使用权到期后，地上建筑物该如何处置目前还没有明确。
　　2007年颁布的《物权法》规定，“住宅建设用地使用权期间届满的，自动续期。”但宋洪昌认为，这个人大通过的法律仅做出了一个方向性的描述，缺乏细节支持，比如“谁来续期，续期有偿还是无偿，续期是备案制度还是审批制度”等等。不动产统一登记全面实施后，这个问题的解决也尤为迫切。